A síntese de RNA começa em regiões do DNA chamadas de promotoras - seqüências específicas reconhecidas pela RNA polimerase - que direcionam a transcrição de genes.

Essas seqüências podem ser bastante variáveis, porém, mantêm conservadas regiões responsáveis pela função promotora. Em procariotos, duas dessas regiões - também conhecidas como seqüências de consenso - estão presentes a cerca de 10 e 35 pares  de  bases  acima  do  ponto  de  início  da  transcrição.  São  elas: 5’ TATATT 3’ e 5' TTGACA 3’, respectivamente (veja figura). Nos eucariotos a principal região promotora é conhecida como TATA box.

Em geral, promotores que possuem seqüências iguais ou muito próximas às de consenso são promotores fortes, que causam um freqüente início de transcrição. Já, promotores com várias substituições nessas regiões são promotores fracos, que têm a velocidade de iniciação da transcrição várias vezes diminuída.

Muitos dos promotores conhecidos hoje foram descobertos através da análise de footprinting.

A taxa de transcrição gênica também pode ser afetada pela ligação de proteínas ativadoras e repressoras a sítios próximos aos pontos de iniciação e pela distância entre as seqüências de consenso dos promotores, sendo a separação ideal igual a 17 nucleotídeos (em procariotos).

Uma importante etapa na iniciação da transcrição é a abertura da dupla fita de DNA (desenovelamento), que é feito rompendo-se as ligações entre as bases das duas fitas.

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