Técnica derivada de princípios usados no seqüenciamento de DNA que identifica seqüências específicas de DNA a qual uma proteína esteja ligada.

Para a identificação e o isolamento de promotores, fragmentos de DNA contendo essa região são isolados e marcados radioativamente na extremidade de uma de suas fitas.

Esses fragmentos são divididos em dois grupos: um tratado somente com DNAse e outro tratado com RNA polimerase e DNAse.

No primeiro grupo a enzima DNAse  introduz quebras aleatórias no fragmento de DNA como um todo. Já no segundo, a região promotora do DNA - que está protegida pela proteína RNA polimerase - não é cortada.

Os produtos de clivagem de ambos os grupos são separados por eletroforese em gel e o padrão observado  num filme de raio X revela um vazio ou pegada na "escada" de bandas radioativas da amostra contendo a RNA polimerase. Os fragmentos ausentes indicam a localização precisa do promotor, que pode ter sua seqüência determinada pelo seqüenciamento do fragmento original do DNA.

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