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O final da transcrição é um processo bem controlado no qual seqüências típicas dos transcritos de RNA (sinais de término) indicam o local para a finalização da síntese dessa molécula. Na bactéria E. coli existem no mínimo duas classes de seqüências de sinalização do término da transcrição: uma utiliza a proteína r (rho) e outra não (rho-independente).
Terminação r-independenteEssa classe é caracterizada por sintetizar RNA contendo região autocomplementar palindrômica rica em GC e em AT; e por possuir uma seqüência de adenilatos na fita molde do DNA que são transcritos em uridilatos na extremidade do RNA. O pareamento intramolecular das seqüências complementares do RNA recém-sintetizado forma uma estrutura em grampo. Esse acontecimento desencadeia os seguintes eventos:
Terminação r-dependenteAs terminações r-dependentes não possuem adenilatos na fita molde, mas possuem uma seqüência curta que é transcrita formando um grampo. A RNA polimerase ao passar por tal região faz uma pausa e, caso a proteína r esteja presente, dissocia-se. A proteína r possui atividade RNA-DNA helicase dependente de ATP, o que – provavelmente – rompe o híbrido. É importante salientar que tanto na classe independente de r quanto na dependente os sinais ativos para o fim da transcrição estão no RNA recém-sintetizado e não no molde de DNA. In vitro, os transcritos de RNA sintetizados pela RNA polimerase isolada são mais longos que os produzidos in vivo. Este fato está associado a ausência da proteína r que, em diversos experimentos, demonstrou ser um fator importante para a detecção de sinais adicionais do término da transcrição. Tais sinais, não específicos, não são reconhecidos isoladamente pela RNA polimerase. Outras proteínas, além da r, também tomam parte e modulam o término da transcrição. Podemos citar, como exemplo, a proteína nusA de E. coli e as proteínas antitérmino do fago l. A primeira permite o reconhecimento de uma classe especial de regiões de término pela RNA polimerase de E. coli e a segunda possibilita a transcrição de determinados genes virais.Abaixo você pode ver as cadeias A e B (sítio de ligação ao RNA) da proteína rho de E. coli. Clicando e arrastando o mouse dentro da figura você pode girá-la. Com o botão direito você pode alterar as configurações de acordo com o que preferir.
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