O pool de diversidade genética de uma espécie existe em três níveis
fundamentais: variação genética em indivíduos (heterozigosidade), diferenças
genéticas entre indivíduos dentro de uma população e diferenças genéticas
entre populações.
Entre os problemas centrais da genética da conservação estão a perda de
diversidade genética em populações pequenas e as mudanças na distribuição
dessa diversidade entre populações.
Perdas de variabilidade genética podem resultar em uma flexibilidade
evolutiva reduzida e em uma diminuição do fitness (valor adaptativo), por exemplo, pela expressão de alelos
recessivos deletérios. Mudanças na distribuição da diversidade podem
desestruturar adaptações locais, resultando no fenômeno de outbreeding depression. Ambos os problemas podem levar a uma redução
do grau de adaptação do organismo ao seu ambiente, diminuindo o fitness
individual e aumentando a probabilidade de extinção de populações ou espécies.
A principal preocupação dos conservacionistas no nível de população deve
ser, então, a manutenção da maior variabilidade genética possível, numa
distribuição geográfica o mais próximo do natural, garantindo a continuidade
dos processos ecológicos e evolutivos. Para isso, é de fundamental importância
a compreensão de como a variação genética é perdida, tanto dentro quanto
entre populações.