A subunidade sigma (s) da RNA polimerase é fundamental para o reconhecimento específico da região promotora. Ela, juntamente ao cerne da enzima, desliza  ao longo do DNA à procura do promotor, não precisando desenrolar a dupla hélice nem ligar-se e desligar-se a ela repetidamente. Esse fato garante uma maior velocidade ao processo de identificação do promotor que, então, inicia a transcrição.

Depois que alguns nucleotídeos são sintetizados, a subunidade sigma dissocia-se do complexo enzimático que, auxiliado por vários fatores de alongamento, completa a síntese da molécula de RNA (veja figura).

Tipos de subunidades sigma

O uso de diferentes fatores sigma permite à célula coordenar sua expressão gênica. A bactéria E. coli, por exemplo, possui diversos tipos desses fatores. O tipo s⁷⁰ é padrão, reconhecendo  as seqüências  de  consenso 5’ TATAAT 3’ e 5’ TTGACA 3’. O tipo s³², induzido quando a célula sofre um aumento súbito de temperatura, reconhece a região promotora dos genes do choque térmico. Esses genes - também conhecidos como heat-shock – têm, então, sua taxa de transcrição aumentada, sintetizando uma série de proteínas protetoras. Já o tipo s⁵⁴ entra em ação quando a célula apresenta uma baixa de nitrogênio, estimulando a expressão de genes responsáveis pela síntese de proteínas que assimilam esse composto.

As seqüências de consenso dos promotores heat-shock e dos promotores de genes de privação de nitrogênio diferem muito das seqüências de consenso padrão acima citadas, o que explica o seu reconhecimento por fatores s diferentes. 

Dois microrganismos, a bactéria Bacillus subtilis e o fago SPO1, utilizam diferentes fatores s para determinar que conjunto de genes devem ser expressos. Em B. subtilis, diferentes fatores s podem ser coordenados para controlar sua esporulação e em SPO1 (que infecta B. subtilis) a síntese de novos s leva à expressão seqüencial de genes virais.

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