Os cromossomos eucarióticos são maiores e têm um grau mais complexo de organização estrutural do que os procarióticos. Os genomas de levedura, mosca das frutas e humanos contêm cerca de 4, 40 e 1000 vezes mais DNA, respectivamente que o genoma de Escherichia coli. Esta abundância dota os eucariontes de potencialidades que estão ausentes nos procariontes e adiciona desafios à replicação e à expressão.