AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism)

Considerações Gerais - AFLP é uma combinação de RFLP e RAPD, incorporando ainda alguns elegantes passos experimentais. A técnica envolve a digestão de DNA com enzima de restrição, conforme requer uma análise de RFLP (veja abaixo). Neste caso, porém, o DNA é digerido com dois tipos de endonucleases (corte raro e corte frequente), gerando fragmentos de diferentes tamanhos. O passos seguintes assemelham-se aos princípios da técnica RAPD: adicionam-se adaptadores que complementam as sequências do sítio de restrição e primers complementares aos adaptadores. A reação de polimerase em cadeia nestas condições amplifica segmentos de DNA ao acaso no genoma (Zabeau and Vos, 1993). A capacidade multiplex da técnica AFLP pode ser controlada primeiramente com a utilização de endonucleases específicas. Pode também ser controlada através do uso de nucleotídeos extras na extremidade 3' dos adaptadores. Pode ser controlada, por fim, com a marcação (radioativa ou luminescente) do primer homólogo ao adaptador do sítio de corte raro nos fragmentos. Os fragmentos analisados são tipicamente dominantes, embora haja potencial para desenvolvimento de algorítimos que analisem imagem digitalizada, distinguindo indivíduos homozigotos e heterozigotos.

Conteúdo Informativo e Acessibilidade - Um dos grandes atributos da técnica de AFLP é sua capacidade multiplex e o próprio controle desta capacidade. Um grande número de locos pode ser amostrado em um único gel AFLP. O número médio de locos polimórficos também é alto nestas amostras. Por outro lado, a capacidade de identificação de alelos nos locos é restrita (Figura 1). A rapidez de obtenção de dados alia-se ao baixo custo e simplicidade técnica, tornando a acessibilidade da técnica AFLP bastante alta (Figura 2). Poucos são os exemplos de utilização de AFLP na análise da diversidade genética ou em programas de melhoramento. Uma limitação para países em desenvolvimento é a etapa de marcação radioativa. Como é sabido, a disponibilidade de isótopos radioativos com 32P é limitada em vários países. Por outro lado, alguns laboratórios começam a empregar marcação não-radioativa na análise de AFLP em sistemas automatizados ou não (Steve Kresovich, comunicação pessoal). Vários laboratórios começam agora a se interessar pelo emprego em larga escala da técnica e observa-se uma tendência acentuada de se utilizar a técnica na análise de Bancos de Germoplasma, testes de identidade/paternidade e estudos populacionais.

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