Algumas definições
Aminoácidos
Os aminoácidos são as unidades estruturais básicas das proteínas. Um alfa-aminoácido é constituído de um grupamento amina, uma carboxila, um átomo de hidrogênio e um
radical R diferenciado, ligados a um átomo de carbono, que é chamado de carbono alfa por ser o
adjacente ao grupamento carboxila (ácido).
A figura abaixo representa a estrutura de um aminoácido.
Os 20 aminoácidos encontrados nas proteínas têm um grupo carboxila e um grupo amino ligados aos
mesmo átomo de carbono (o carbono alfa, assim chamado por sua proximidade à carboxila ácida).
Eles diferem uns dos outros através de suas cadeias laterais ou grupos R, os quais variam em
estrutura, tamanho e carga elétrica, e influenciam a solubilidade do aminoácido em água. Os
aminoácidos em solução em pH neutro são predominantemente iontes dipolares (ou, do alemão,
zwitterions) em vez de moléculas não ionizadas.
O arranjo tetraédrico dos quatro grupamentos diferentes em torno do átomo de carbono alfa
confere atividade ótica aos aminoácidos. As duas formas em imagem especular são chamadas de
isômero L (levógero) e isômero D (dextrógero). Só os aminoácidos L são constituintes de
proteínas, devido à especificidade da enzima peptidil transferase, que só faz a ligação
peptídica se a cadeia lateral do aminoácido estiver para a esquerda. Os D-aminoácidos foram
encontrados apenas em pequenos peptídios da parede de células bacterianas e em alguns peptídios
que tem função de antibióticos.
Veja os símbolos dos aminoácidos.
Peptídeos e Polipetídeos
Um peptídeo é formado por dois ou mais aminoácidos covalentemente ligados por ligações peptídicas
entre um grupo ácido carboxílico de um aminoácido à um grupo amina de outro. Um polipetídeo
é formado por uma longa cadeia peptídica (tipicamente com massa molecular <10.000).
Ligação Peptídica
Nas proteínas, a carboxila alfa de um aminoácido une-se à amina alfa de outro por
uma ligação denominada peptídica ou amídica. A ligação peptídica une dois aminoácidos resultando
na formação de um dipeptídeo com a perda de uma molécula de água.
A cadeia polipeptídica possui um sentido determinado. Como os aminoácidos que constituem a
cadeia possuem terminações diferentes, por convenção, a ponta amínica (grupamento alfa-amina) é
considerada como sendo o início de uma cadeia peptídica, e a ponta carboxi (grupamento
alfa-carboxila) o fim.
Uma cadeia peptídica é constituída de uma parte que se repete regularmente , chamada de cadeia
principal, e uma parte variável, que corresponde às distintas cadeias laterais.
Além da ligação peptídica, outras ligações podem ser importantes para a determinação da estrutura protéica.
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