Notícias

Tutorial de como utilizar o servidor Sagarana HPC cluster, CEPAD-ICB-UFMG

1º Passo: Se você for aluno da UFMG, é só entrar com seu login da minha UFMG. Se não for tem que pedir para criarem um login para você.

2º Passo: Se você der o comando ls aparecerá 3 pastas e 1 arquivo. Tudo que você precisa copiar para a Sagarana deve ser salvo na pasta 2sagarana primeiro.

3º Passo: Para copiar para o servidor, você deve utilizar o seguinte comando no seu computador:

scp /home/ufmg/login/2sagarana/arquivo login@sagarana.icb.ufmg.br:/home/login

4º Passo: Depois de copiado para a pasta, você deve fazer o login na Sagarana usando o comando: ssh login@sagarana.icb.ufmg.br

5º Passo: O servidor Saganara funciona por meio de filas e existem 2 filas: Fila64 e Fila256. Cada fila tem um tamanho de core disponível. Para saber a quantidade disponível, utilize o comando freecores.

As máquinas 1, 2, 3 e 4 pertencem a fila64 e a máquina 5 pertence a fila256.

É importante saber a quantidade de core disponível pois quando for rodar a análise se não tiver disponível a quantidade de core que você colocou, sua análise entrará na fila e ficará em espera até ter a quantidade disponível para começar a rodar.

6º Passo: Para rodar qualquer análise no servidor, você deve criar um script com a linha de comando. Você pode usar um editor de texto, por exemplo o vim, e o arquivo deve ser salvo com a extensão .sh. Por exemplo: teste.sh.

No editor de texto vim, antes de escrever o script você deve apertar a tecla I para inserir texto no arquivo.

O script deve ser escrito da seguinte maneira, como mostrado na foto:

#!/bin/sh #Author seu_nome #PBS -N nome_da_analise #PBS -e nome_do_arquivo_para_salvar_os_erros.err #PBS -o nome_do_arquivo_para_salvar_os_logs.log #PBS -q fila_a_ser_utilizada #PBS -l select=1:ncpus=quantidade_de_core_a_ser_utilizado #Linha de comando da análise #Essa linha deve conter o caminho todo para a pasta dos programas #a serem utilizado, o caminho todo para o input e o caminho todo para o output. #Por exemplo: #Para rodar um mapeamento de genoma contra referência utilizando o BWA o primeiro passo é indexar a referência #utilizando o comando: /programs/bwa-0.7.12/bwa index -a bwtsw /home/login/referencia.fa #Lembrando que tudo que estiver entre # é inserido como comentário e as linhas de comando devem estar fora do #. #O segundo passo é para fazer o alinhamento contra referência, utilizando o comando: /programs/bwa-0.7.12/bwa mem -t 40 /home/login/referencia.fa /home/login/trimmed_R1_paired.fastq /home/login/trimmed_R2_paired.fastq > /home/login/mapeamento/arquivo.sam

No final deve-se aperta a tecla ESC e digitar :wq para sair e salvar as alterações no arquivo.

7º Passo: Para rodar sua análise deve-se digitar o comando qsub teste.sh

O servidor te retornará o ID do seu trabalho, por exemplo: 117889.sagarana

8º Passo: Para acompanhar seu trabalho na fila do servidor, utilize o comando qstat . Esse comando retorna todos os trabalhos que estão na fila, o nome que cada usuário deu a seu trabalho, o usuário que enviou o trabalho para a fila, o tempo que está rodando, o status e a fila que está rodando.

Se o status estiver com um R significa que está rodando, se estiver com um Q significa que está na fila de espera pois não tem core suficiente para começar a rodar e se estiver com um E significa que está saindo da fila, pode ser que terminou ou deu erro.

9º Passo: Para sair do servidor Sagarana digite exit.

Lembre-se de citar o uso do servidor da seguinte maneira:

Data sets were processed in sagarana HPC cluster, CEPAD-ICB-UFMG