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Há diversas maneiras de acessar a diversidade genética de populações, como através de eletroforese de proteínas (aloenzimas), RAPD, análise de mtDNA, microssatélites e outros marcadores nucleares de loci único. O método empregado depende do tipo de estudo a ser desenvolvido.

Entre os marcadores genéticos mais utilizados em estudos de populações e filogenia estão:

Microssatélites
São repetições em tandem de unidades de 1-10 pb de comprimento, como (TG)n ou (AAT)n, amplamente distribuídas pelo genoma de eucariotos. Os microssatélites fornecem um grande número de informações (parentesco, fluxo gênico, filogenia) e o material para análise pode ser obtido por métodos não invasivos – DNA pode ser extraído de pêlos, bulbo de penas, casca de ovo contendo restos de tecido. Constitui-se assim, uma importante ferramenta para estudos de genética de conservação.

DNA mitocondrial (mtDNA)
A análise de polimorfismos de DNA mitocondrial tem sido muito utilizada para estabelecer relações filogenéticas entre espécies proximamente relacionadas e entre populações da mesma espécie.
O mtDNA constitui-se numa fita dupla circular de DNA de 15 a 20 kb de comprimento. Apresenta uma região contendo 13 genes codificadores de proteínas, 22 genes de tRNA e 2 genes de rRNA, e um segmento não codificador de aproximadamente 1 kb, chamado de região controladora, onde inicia-se a replicação e a transcrição.
A taxa de evolução do mtDNA é cerca de 5 a 10 vezes maior que a dos genes nucleares de cópia única. Além disso, a região controladora contém blocos variáveis que evoluem cerca de 4 a 5 vezes mais rápido que toda a molécula de mtDNA. Assim, diferentes regiões do mtDNA podem ser utilizadas, de acordo com o tempo de divergência dos grupos estudados.
 
 

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Dezembro 2000