Pressupostos para Máxima Verossimilhança
As frequências de transições de DNA (C<->T, A<->G) e transversões (C ou T <-> A ou G) são distintas.
Desde que sitíos nucleotídicos evoluem independentemente, a árvore é calculada separadamente para cada sítio. O produto das probabilidades para cada sítio fornece a probabilidade global dos dados observados.