Máxima verossimilhança
Este método (Maximum Likelihood- ML) tenta reconstruir uma filogenia usando um modelo explícito de evolução, que envolve cálculos de probabilidades.
Funciona melhor quando é usado para testar (ou melhorar) uma árvore existente.
Mesmo com modelos simples de mudança evolutiva, o trabalho computacional é enorme, tornando-o o mais lento de todos métodos filogenéticos.