UPGMA
O mais simples dos métodos de distância é o UPGMA (Unweighted Pair Group Method using Arithmetic averages).
Assume taxas evolutivas idênticas para todas OTUs.
Agrupa as distâncias menores e recalcula novas distâncias através de médias aritméticas para novo agrupamento.
Os programas do PHYLIP DNADIST and PROTDIST calculam distâncias genéticas entre grupos de sequências criando uma matriz.
Então o programa NEIGHBOR (que também constrói árvores NJ) do PHYLIP constrói a árvore UPGMA a partir da matriz.
Esta árvore é visualizada em um programa apropriado (TREEVIEW ou PTP).