Slide do PowerPoint
Tipos de dados usados em inferência filogenética
Métodos baseados em caracteres : Usam diretamente os caracteres alinhados, tais como sequências de DNA ou proteína
espécie A ATGGCTATTCTTATAGTACG
espécie B ATCGCTAGTCTTATATTACA
espécie C TTCACTAGACCTGTGGTCCA
espécie D TTGACCAGACCTGTGGTCCG
espécie E TTGACCAGTTCTCTAGTTCG
Métodos baseados em distâncias: Transformam os dados em distâncias (dissimilaridades) par-a-par, e usam a matriz durante inferência da árvore.
espécie A ---- 0.20 0.50 0.45 0.40
espécie B 0.23 ---- 0.40 0.55 0.50
espécie C 0.87 0.59 ---- 0.15 0.40
espécie D 0.73 1.12 0.17 ---- 0.25
espécie E 0.59 0.89 0.61 0.31 ----
(= percentagem observada de
Exemplo 2: distância Kimura 2-parâmetros
(estimativa do número real de substituições entre táxons)