Estima-se primeiro qual árvore sem raiz seria a mais “correta”
Alguns métodos produzem a árvore já com a raiz (UPGMA), outros podem fornecer árvores com raiz se os dados possuem informação suficiente (parcimônia, verossimilhança) e outros necessitam obrigatoriamente de um grupo externo para produzir uma árvore com raiz (NJ)