Darwin em 1859 postulou que dentro
da história evolutiva das várias linhagens (ou espécies)
o acúmulo de variabilidade teria sido lento e gradual. Isto implicaria
na existência de várias formas intermediárias na transformação
das espécies.
Alguns dados utilizados por Darwin
era a continuidade de fenótipos dentro de algumas famílias
de animais, tais como nos bovídeos, com espécies de diferentes
tamanhos e formas e que aparentavam uma certa continuidade; a existência
de várias formas intermediárias tais como as raças
de cães, etc. Ele esperava que isto também se apresentaria
no registro fóssil. No entanto dados de paleontologia na época
ainda eram muito escassos.
No entanto, atualmente com o estudo de várias espécies viventes e o acúmulo de achados paleontológicos, foi revelada uma grande descontinuidade de fenótipos em alguns grupos de animais. Um exemplo é a falta de intermediários fenotípicos entre as baleias e demais mamíferos, ou entre plantas vasculares e briófitas. Outro exemplo, paleontológico, é que não foi encontrado até hoje o fóssil representando o ancestral comum das linhagens de humanos, gorilas e chimpanzés, o famoso Elo Perdido.
À falta destes intermediários dá-se o nome de Buracos Fenotípicos e os biólogos tem três explicações alternativas para este fato:
1 - Grupos distintos de organismos representam diferentes eventos de origem da vida. Esta era a teoria de Lamarck, que consideraria os cetáceos como tendo origem separada das outras ordens de mamíferos [NeoLamarckistas]. Esta idéia não é aceita, já que há muito tempo se demonstrou a origem comum dos vários organismos, pela presença de estruturas comuns celulares.
2 - Os buracos fenotípicos existem porque os intermediários nunca existiram já que as espécies se originariam por alterações drásticas (macromutações) que alterariam o fenótipo grandemente e gerando novas espécies . Esta é a teoria do Saltacionismo que tem sido descreditada pela nova genética molecular.
3 - Outros consideram que o acúmulo de mutações é gradual, gerando vários fenótipos intermediários. No entanto, porque o registro fóssil é muito incompleto, estes intermediários nunca serão descobertos. Gradualistas e idealizadores do Equilíbrio Pontuado utilizam este argumento mas divergem quanto às taxas de evolução, ou seja, a velocidade com que ocorre a diversificação de espécies.