Os genes recB, recC e recD são genes que codificam proteínas que formam um complexo recBCD de 328 Kd que têm tanto atividade de helicase quanto de nuclease.
(Figura 5) Atividades helicase e nuclease da enzima recBCD
Várias outras proteínas que são necessárias para a recombinação homóloga foram identificadas.
A proteína ligadora unifilamentar(SSB) participa deste processo bem como na replicação do DNA.
A topoisomerase I, também tem papel importante na recombinação, aliviando a tensão de torção produzida pelo enrolamento de uma molécula de DNA ao redor da outra durante a migração da ramificação.
O movimento das junções de Holliday, é feito pela proteína ruvB, que consome ATP, agindo em conjunto com a proteína ruvA. Estas junções são cortadas pela proteína ruvC, uma nuclease que reconhece estruturas cruciformes, e são fechadas pelaDNA ligase