Para testar o modelo de Holliday,foram estudados ao microscópio eletrônico intermediários na recombinação homóloga de plasmídios em E. coli. O ponto de contato das formas em X sempre divide a estrutura em pares de braços de igual tamanho. Isto significa que os genomas estão unidos em uma região de homologia.
(Figura 3) Clivagem de RuvC de dois dos quatro filamentos de uma junção de holliday, mostrando uma região de homologia