Um elemento quase sempre presente no endereçamento de proteínas é o peptídeo sinal. Ele contém os sinais que irão dirigir a proteína sintetizada para seu destino final.
Para ser reconhecida pela partícula reconhecedora de sinal, e
ser levada até a maquinaria de trasnslocação, presente
no Retículo Endoplasmático, uma proteína deve conter
em sua extremidade amino-terminal uma sequência sinalizadora que
é clivada após sua entrada na luz do Retículo Endoplasmático.
Neste caso ela possui características bem definidas, como, é
constituida de 13 a 36 aminoácidos, a parte amino-terminal do sinal
possui pelo menos um aminoácido carregado positivamente, uma região
altamente hidrofoba forma o centro da sequência sinalizadora
e o aminoácido amino-terminal do ponto de clivagem geralmente tem
uma cadeia lateral neutra pequena.
É o peptídeo sinal que abre os canais de condutancia de proteínas. Este evento funciona como um regulador do consumo energetico da maquinaria de translocação, somente, quando proteínas nascentes estiverem prontas para serem translocadas é que ocorrerá a abertura dos canais e a força próton-motriz atuará.