DNA & Cromossomos

DNA factories

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• Interessante: Dynamics of DNA replication factories in living cells. Esse trabalho ilustra a dinâmica das fábricas de replicação através do antigeno de proliferação nuclear (PCNA) fundido à proteína fluorescente verde (GFP). Os resultados indicam que as fábricas são heterogêneas em tamanho e em tempo de vida. Os estudos em quatro dimensões sugerem que as fábricas de replicação são estavelmente ancoradas no núcleo e a variedade de formas ocorre gradual e coordenada mas assincrônicamente, montado e desmontado durante a fase S.
  
• Interessante: DNA ligase I is recruited to sites of DNA replication by an interaction with proliferating cell nuclear antigen: identification of a common targeting mechanism for the assembly of replication factories. Este artigo descreve a existência de homologia fa DNA ligase I como a subunidade I da fábrica de replicação C (RF-C p140), onde possuem uma seqüência de aproximadamente 20 aminoácidos em comum na região N-terminal. Que funciona como uma seqüência alvo de fábricas de replicação (RFTS). Essas seqüências interagem com o antigeno de proliferação nuclear (PCNA). Seqüências similares para a ligação RFTS/PCNA foram identificadas em outras enzimas de replicação do DNA. Esse artigo propõem que o PCNA alem de ser um fator de processamento da DNA polimerase possua um papel central no recrutamento e estabilização de proteínas de replicação do DNA das fábricas de replicação.
  
• Interessante: Replication occurs at discrete foci spaced throughout nuclei replicating in vitro. Esse é um artigo de 1989 que traz a visualização de locais de replicação por incorporação de [alpha-32P]dATP, BrdUTP ou Biotina-dUTP. Analises em microscopia confocal indicaram a presença de 100 a 300 locais de replicação. Esse é um dos primeiros artigos sobre a existência de locais específicos de transcrição.
  
• Interessante: Replication factories and nuclear bodies: the ultrastructural characterization of replication sites during the cell cycle. Esse artigo descreve através de estudos com microscopia óptica e eletrônica em células HeLa de mamíferos com a cromatina removida em cerca de 90% que a maior parte da síntese de DNA ocorre em estruturas densas específicas anexadas a um nucleoesqueleto difuso. Essas estruturas aparecem no final da fase G1 e rapidamente fica ativa, com o progresso da fase S eles aumentam de tamanho e diminuem de numero. Segundo esses estudos de microscopia a grande maioria da replicação de DNA ocorre nessas "fábricas".
  
• Interessante: Intranuclear targeting of DNA replication factors. Esse artigo analisa a compartimentação nuclear pela analise de duas enzimas, a DNA ligase I e a DNA metil transferase (DNAMUTase). No caso das duas enzimas, o processo de montagem parece ser controlado por uma sequência alvo comum, que são anexadas ao centro catalítico da enzima e mediam a associação com as fábricas de DNA em mamíferos. A dinâmica dessa estruturas nucleares foi acompanhada durante todo o ciclo celular usando proteína fluorescente verde. Esses estudos são de grande importância para elucidar a arquitetura, regulação e papel dessas estruturas nucleares.
  
• Interessante: Functional links between nuclear structure, gene expression, DNA replication, and methylation. Esse artigo descreve vária descobertas da ultima década sobre a organização e o funcionamento das estruturas do núcleo. Onde a replicação e o metabolismo do DNA possuem um local distinto no núcleo para ocorrer, sendo esses locais enriquecidos com proteínas envolvidas nesse processo. Essa colocalização das funções com seus respectivos cofatores são freqüentemente organizadas para uma organização funcional do núcleo. Essa organização é feita pela montagem de diferentes enzimas em formando um grade complexo multe enzimático responsável pela replicação do DNA. Esse artigo descreve ainda os vários elos entre a estrutura nuclear, expressão gênica e a replicação e metilação de DNA.
  
• Interessante: Structure and function in the nucleus: subnuclear trafficking of DNA replication factors. Esse artigo descreve a nova visão da organização nuclear onde as estruturas não estão dispostas aleatoriamente no núcleo. Através da identificação e utilização de domínios de proteínas pode-se elucidar os princípios moleculares básicos da organização nuclear e sua dinâmica. A combinação de bioquímica, biologia celular e biofísica deu acesso para o estudo das estruturas nucleares e permitiu elucidar como é formado as grandes estruturas organizadas no núcleo de células de mamíferos.
  
• Interessante: DNA replication machinery of the mammalian cell. Esse artigo descreve o fluxo de conhecimento da ultima década sobre as proteínas que mediam a replicação, bem como sua função durante a replicação de DNA. É discutido o papel nucleoesqueleto na replicação, e as evidencias da existência de fábricas de replicação extremamente organizadas em células de mamíferos.
  
• Interessante: Visualization of replication factories attached to nucleoskeleton. Esse artigo descreve uma demonstração experimental das fábricas de DNA e sua ligação ao esqueleto do núcleo celular em células de mamíferos. Na visualização celular descrita foram verificados 150 locais de síntese de DNA, que continham DNA polimerase a e antigeno de proliferação nuclear. Após a remoção de cerca de 90% da cromatina se visualizou através de microscópia eletrônica um numero similar de densos corpos ovóides. Eles permanecem fisiologicamente e morfologicamente intactos após a remoção da cromatina e a incubação desses corpos com biotina-II-dUTP revelou que esse corpos sintetizavam DNA demonstrando as fábricas de DNA.
  
• Interessante: Localization of bacterial DNA polymerase: evidence for a factory model of replication. Esse artigo traz evidencias para comparar os modelos de replicação do DNA; o modelo em que as polimerases estão paradas como uma fabrica, com o modelo em que a polimerase se move pelas fitas de DNA como um trem sobre uma linha. Para se distinguir estes dois tipos de modelos foi utilizado uma polimerase marcada com fluorescência Com este artificio pode se visualizar a localização das polimerases que no experimento estavam agrupadas em posições discretas e não distribuídas randomicamente. Sugerindo que as polimerases estão ancoradas em um local, dando suporte para o modelo em que o DNA se move pelas polimerase.

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