Protocolos do LBEM

Todos podem ser acessados através da home-page padronizada do lab [protocolos], de preferência com referências bibliográficas incluídas - variações devem ser anotadas no caderno de laboratório
Protocolos de outros labs não devem ser anexados indiscriminadamente ao LBEM - Protocolos do Maniatis/Sambrook são protocolos gerais e normalmente podem ser utilizados no LBEM, caso não haja o protocolo na página.

Compras e Verbas

1) Processo de compras
Itens devem ser rotineiramente levantados quanto à disponibilidade. Alguns itens precisam de verbas especiais para serem compradas e devem ser solicitadas ao coordenador. Compras podem ser solicitadas via FUNDEP (projetos da Fapemig, Boticário e PROF/CAPES), mas com autorização do coordenador (precisa de login e senha). No ano de 2004 temos verba do Boticário (peixe-boi, morcegos), um restinho do genoma Schisto, verbas do CNPq (PELD, bioinformática e peixe-boi) e entrou recentemente um da Fapemig (morcegos).

Quando for fazer compra ou verificar material que chegar ao laboratório, a Nota Fiscal deve ter as seguintes titularidades:
i)    FUNDEP - projetos do Boticário e Fapemig (peixe-boi, morcegos, genoma schisto)
ii)   Fabrício R. Santos/CNPq - projetos do CNPq (universal, bioinformática)
iii)  Francisco A. Rodrigues Barbolsa/CNPq - projeto PELD
iv)  Ana Tereza R. Vasconcelos/CNPq - projeto Genoma Funcional (com lab Andréa Amaral)

Notas fiscais em nome da Fundep (1a via) devem ser encaminhadas ao setor de pagamentos. Demais notas devem ficar na escrivaninha do Fabrício para posterior processamento. Cada estudante deve estar ciente dos processos de compras, principalmente dos projetos aos quais o seu estudo está vinculado. Observar se o material químico ou biológico deve ser mantido à temperatura ambiente, 4oC, -20oC, etc, caso isto não seja observado, poderá significar a perda de muitos dólares...

2) Não há como fazer compras sem verba, então todos devem participar dos projetos de pedido de verba e ficar atentos aos editais - os coorientados devem fazer o  mesmo com o orientador principal.

Equipamentos

Não temos qualquer dinheiro para manutenção de pequenos equipamentos - se quebrar estamos fritos - por isto tomem cuidado. EX:  não colocar PCR para esfriar a 4oC por muito tempo (PCR não é geladeira) e não deixar as pipetas caírem. A manutenção do MegaBACE custa ao redor de US$15.000,00 anuais. Todo o cuidado é pouco, mesmo com as pipetas, cujo alto preço para consertos faz com que tenhamos de comprar uma nova quando cada uma estraga por um "simples" descuido de laboratório. Novos estudantes devem ser avisados dos cuidados no laboratório, bem como manter as portas fechadas, e cuidar para que as bancadas estejam disponíveis para outros experimentos.

 Banco de DNA

O Banco de amostras de DNA (e tecidos) é o cerne dos projetos, tanto com animais quanto humanos. As amostras só devem receber um número de tombo no Banco se tiverem um DNA extraído em quantidade suficiente (no mínimo 500 ng). Estas amostras devem ser guardadas em tubos rosqueados em caixas próprias no freezer.
Os números de tombo devem ser depositados nas planilhas Excel, cujos arquivos principais se encontram no MAC - os arquivos Excel podem ser trabalhados fora do MAC, mas só devem funcionar como Backups. Os responsáveis abaixo se encarregarão da qualidade da entrada dos dados junto aos demais estudantes. Conselho: sempre atualizar os arquivos no MAC e a partir dele, gerar arquivos a serem trabalhos temporariamente em outros computadores, mas se o MAC não está sendo utilizado, dêem preferência a ele.
Responsáveis: Mamíferos [Rodrigo], Aves [Eloísa], Humanos e outros [Fabrício] - Estes responsáveis devem manter BACKUPs das últimas planilhas nas suas pastas, CDs, etc.

PCR e Sequenciamento

Os experimentos principais no laboratório envolvem PCR e sequenciamento.  Os programas de ciclagem podem ser compartilhados, e quando forem, verifiquem se os parâmetros não foram alterados. O ideal é criar um programa novo, mas para isto é necessário que se faça a exclusão de alguns não utilizados pela limitação de memória. Os programas devem estar anotados nos cadernos de laboratório, junto aos demais protocolos. O mesmo vale para a reação de sequenciamento. O design das ciclagens, reação de PCR e primers é essencial. Algumas dicas vocês podem ter no manual de PCR [manual]. Para as reações de sequenciamento seguimos protocolos de reação e corridas pré-estabelecidos para produtos de PCR e clones, de acordo com instruções do fabricante do MegaBACE.
O MegaBACE tem geralmente um responsável, atualmente é a Paula, mas todos devemos cuidá-lo. Casos de interrupção de energia, principalmente se levarem mais de 15 minutos, podem danificar o aparelho. Além disto, o ideal é que se ele não esteja funcionando, deve estar dormindo SLEEP. Se estiver acordado, a temperatura fica a 44oC, e isto pode danificar o aparelho se permanecer assim por muito tempo. O ideal é colocá-lo no modo SLEEP novamente, e às vezes é necessário também limpar os capilares. Um SLEEP dura no máximo 72 horas, então qualquer ausência mais demorada do laboratório deve ser programada, e pode-se optar por secar os capilares e/ou desligá-lo.
 
Arquivos PDF do laboratório

1) Nomenclatura - todos pdfs de artigos científicos devem ser renomeados assim:

primeiro autor + ano + revista + (-) + assunto resumido

EX:  santos00ajhg-yamersul.pdf
(artigo de autor sobrenome santos, ano 2000, no Amer. J. Human Genetics, sobre y na America do Sul)

OBS1:  demais PDFs (manuais, artigos gerais de ciencia hoje, outros) podem ficar à parte com nomenclatura não padronizada.
OBS2: sugiro catalogar PDFs de assuntos do lab:  Gen.Evol. Humana e Animal, Biodiversidade, Evolução, Genômica e Bioinformática - assuntos extras devem ser catalogados em outros ou não serem colocados no banco de PDFs.

2) Armazenamento no banco de dados:
Depositar este PDF no computador LBEM1 (Dell, sala sequenciador) dentre as pastas apropriadas no diretorio meus documentos/pdf (veja vários renomeados já existentes ali)
A idéia futura é transferir estes PDFs para CDs permanentemente.