Construção de uma árvore de UPGMA a partir de sequências de DNA

Dados
             1  2  3  4  5  6  7  8  9  10
Orangotango  A  C  G  G  T  A  C  A  G  G    O
Gorila       .  G  .  .  C  .  T  .  .  .    G
Chimpanzé    .  G  .  .  C  G  .  C  A  .    C
Homem        .  G  .  .  C  G  .  C  .  T    H

etapa1- primeiro agrupamento
 

Matriz de diferenças (distância genética)     O  G  C  H O  G   3  C   5  4  H   5  4  2

menor distância (2) agrupa C-H - ramo 2/2 =1

Matriz de diferenças (distância genética recalculada assumindo ancestral de C-H)      O  G  C-H O G    3  C-H  5  4

menor distância (3) agrupa G-O - ramo 3/2 =1,5

Matriz de diferenças (distância genética recalculada entre grupos C-H e G-O)       O-G C-H   4,5

distância (4,5) agrupa (G-O)-(C-H) - ramo 4,5/2 =2,25

Construção de uma árvore de Parcimônia a partir de sequências de DNA

Dados
             1  2  3  4  5  6  7  8  9  10
Orangotango  A  C  G  G  T  A  C  A  G  G    O
Gorila       .  G  .  .  C  .  T  .  .  .    G
Chimpanzé    .  G  .  .  C  G  .  C  A  .    C
Homem        .  G  .  .  C  G  .  C  .  T    H

Assumindo o orangotango como grupo externo (G+C+H são mais relacionados filogeneticamente) significa dizer que a o estado alélico em cada posição (1-10) presente no orangotango é considerado o estado primitivo (ancestral ou plesiomórfico).
 

UPGMA é um algoritmo fenético, baseado em distâncias genéticas, que considera a similaridade geral no agrupamento das OTUs.

Parcimônia é um algoritmo que considera que as OTUs se agrupam de acordo com um padrão de ancestralidade/descendência, onde as apomorfias (mutações derivadas) registram os processos de divergência.

Como evolução (ancestralidade comum) não é necessariamente refletida em similaridade, os dois tipos de algoritmos podem produzir árvores distintas. Normalmente árvores feitas por parcimônia são mais confiáveis mas em alguns casos não é possível de ser aplicada, tais como no uso de frequências alélicas.