Genes vs. espécies
Relacionamentos calculados dos dados de sequência representam uma filogenia de genes ou proteínas, que não necessariamente refletem a filogenia das espécies.
Sua sequência de dados pode não ter a mesma história filogenética da espécie da qual este DNA ou proteína foram isolados.
Diferentes genes evoluem em diferentes velocidades, e são possivelmente sujeitos a processos de transferência gênica horizontal (hibridização, movimento de DNA mediado por vetor, ou diretamente).
Estas afirmações valem também para dados morfológicos, ou quaisquer outros dados que representem parcialmente a história evolutiva de um conjunto de espécies.