Métodos Cladísticos
São baseados na hipótese de que um grupo de sequências evolui de um ancestral comum por um processo de mutação, deriva e seleção, sem transferência horizontal de genes (hibridização, transdução de DNA por vetores, etc).
Estes métodos funcionam melhor em construções de árvores, se pelo menos uma sequência ancestral já é conhecida, de modo que comparações podem ser feitas entre um número finito de árvores alternativas ao invés de se calcular todas possíveis árvores para um dado grupo de sequências.