Distâncias entre DNA
distâncias entre pares de sequências de DNA são relativamente simples de computar como a soma de diferenças de bases entre as duas sequências.
- Este tipo de algoritmo somente funciona para pares de sequências similares o bastante para serem alinhadas
Geralmente todas alterações de bases são consideradas iguais
Inserções/deleções geralmente possuem um peso maior do que substituições nucleotídicas (gap penalties).
É também possível corrigir múltiplas substituições em um único sítio, que é comum em relacionamentos filogenéticos distantes e para sítios de rápida evolução.