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métodos baseados em caracteres podem discriminar os tipos de similaridade e teoricamente encontrar a verdadeira árvore evolutiva
Similaridade observada entre duas OTUs pode ser por:
relacionamento evolutivo :
caracteres ancestrais compartilhados (‘plesiomorfias’)
caracteres derivados compartilhados (‘’sinapomorfias’)
Homoplasia (evolução independente do mesmo caráter):
Eventos Convergentes (em OTUs relacionadas ou não), Eventos Paralelos (em OTUs relacionadas), Reversões (em OTUs relacionadas)