Informações Moleculares para Filogenia
Diferentes tipos de dados de variações genéticas podem ser obtidos de marcadores moleculares: frequências alélicas, dados de inserções/deleções, variações de tamanho em regiões repetitivas e dados de sequências.
Em um alinhamento de sequências de DNA ou proteína, cada posição é um caráter separado, com quatro possíveis estados, os 4 nucleotídios no caso de DNA, ou 20 estados representados pelos aminoácidos nas proteínas.