Esta porção da molécula do MHC liga peptídeos para exibi-los às células T, e os receptores de antígenos das células T interagem com o peptídeo exibido e com as hélices das moléculas do MHC.

Em razão da variabilidade dos aminoácidos nessa região, diferentes moléculas do MHC ligam-se, exibem diferentes peptídeos e são reconhecidas especificamente pelos receptores de antígenos das células T.

Os domínios semelhantes à imunoglobulina não polimórficos das moléculas do MHC contêm sítios de ligação para as moléculas das células T CD4+ e CD8+. A CD4+ e a CD8+ são expressas em subpopulações distintas de linfócitos T maduros e participam, juntamente com os receptores de antígenos, no reconhecimento do antígeno; isto é, CD4+ e Cd8+ são "co-receptores" da célula T.

A CD4+ liga-se seletivamente às moléculas de MHC de classe II, e a CD8+ liga-se às moléculas de classe I.

A maioria das células CD4+ funciona como células auxiliares, e as células CD8+ são citolíticas, embora as citolíticas CD4+ (também restritas ao MHC de classe II) sejam muitas vezes detectadas em humanos.