A estrutura tridimensional da TBP assemelha-se a uma sela e é muito importante para sua ligação com outros fatores de transcrição. Ela é formada por dois domínios semelhantes compostos de duas a-hélices e uma folha b antiparalela.

O local de ligação ao TATA box é a superfície côncava da sela, formada pelas folhas b antiparalelas. Quando ligada ao DNA, a TBP gera neste uma grande torção em cada extremidade do TATA box, gerando uma leve abertura da dupla fita para que ocorra o contato entre as folhas b e o ácido nucléico.

É importante notar que, apesar da simetria bilateral da TBP, sua ligação com o TATA box gera um complexo assimétrico, o que é importante para que a transcrição se inicie para um lado específico da cadeia de DNA.

Abaixo você pode ver a estrutura da TATA Binding Protein humana. Clicando e arrastando o mouse dentro da figura você pode girá-la. Com o botão direito você pode alterar as configurações de acordo com o que preferir.

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