Prognóstico das interações protéicas usando contextos genômicos.

1 -   Análises comparativas das sequências completas do genoma podem prever as várias características funcionais a nível de proteína.


2 -   Estratégias e métodos de estudo:

a)    Fusão de genes de 1 espécie       indica a interação proteína-proteína entre produtos gênicos dos 2 genes. b)    Conservação da vizinhança do gene em algumas espécies divergentes também indica fortemente a ocorrência de uma interação entre os produtos gênicos codificados, mesmo se eles não são vizinhos em muitos outros genomas. De fato, sistemas subcelulares inteiros podem ser identificados se informação da vizinhança de diferentes genes está sistematicamente consolidada.

c)    No perfil filogenético, a co-ocorrência de 2 genes (e seus ortólogos) em subgrupos idênticos de espécies indicam que os 2 genes interagem. d)    A presença de elementos regulatórios comuns dão uma pista de co-regulação de genes correspondentes "abaixo" e, portanto, às interações genéticas e funcionais dos respectivos produtos gênicos.

3 -    Combinando as estratégias e métodos aumenta-se a sensibilidade dos estudos.

a)    os métodos baseados no contexto genômico ainda não são muito usados quanto os métodos clássicos, contudo o poder da análise do contexto genômico aumentará com cada novo genoma decifrado.

b)    os métodos são usados para prever as funções baseados na homologia e diferença entre a evolução dos procariotos e eucariotos.