Considerando um início único, ao longo do tempo, o processo evolutivo vem moldando as espécies, uma vez que, algumas estruturas conservadas indicam parentesco ou simplesmente a seleção por uma mesma necessidade de organismos não relacionados. Além disso, discute-se a possibilidade de que diferenças entre os genomas de espécies distintas podem ter sido adquiridas e funcionam, hoje, como marcadores.