O RNA transpotador (tRNA) serve como molécula adaptadora que reconhece tanto a enzima que liga o aminoácido correto quanto o códon do mRNA. Uma característica marcante deste RNA é o seu alto conteúdo de nucleosídeos incomuns: inosina (I), pseudouridina ( Y), diidrouridina (UH2 ou D), ribotimina (T) e derivados metilados de guanosina e inosina. Todas as moléculas de RNA podem ser escriotas em um padrão de trevo no qual cerca de metade dos nucleosídeos está pareada. Portanto, as moléculas de tRNA têm muitas características estruturais comuns. Isto é importante pois todas as moléculas de tRNA devem ser capazes de interagir quase do mesmo modo com ribossomos, mRNAs e fatores de alongamento.
Algumas sintetases reconhecem seu tRNA primariamente com base em seu anticódon, mas existem elementos determinantes da identidade do tRNA. Por exemplo, o tRNA de alanina possui um determinante crucial que é a presença do par de bases G-U na posição 3:70 na base do aceptor 3' da molécula com 76 nucleotídeos. O reconhecimento preciso dos tRNAs é muito importante para a síntese de proteínas com alta fidelidade, bem como a seleção precisa dos aminoácidos.
Todas as moléculas conhecidas de RNA transportador compartilham as seguintes características:
1. São cadeias unitárias contendo entre 73 e 93 ribonucleotídeos.
2. Contêm muitas bases incomuns, entre 7 e 15 por molécula.
3. A ponta 5' dos tRNA é fosforilada.
4. A seqüência de bases na ponta 3' de tRNAs maduros é CCA. O aminoácido ativado é ligado à hidroxila 3' da adenosina terminal.
5. Cerca de metade dos nucleotídeos nos tRNAs forma pareamento de bases, originando uma dupla hélice. Cinco grupos de bases não estão pareados: a região CCA do terminal 3'; a alça TYC, que tem seu nome pela seqüência ribotimidina-pseudo-uridina-citosina; o "braço extra", que possui um número variável de nucleotídeos; a alça DHU, que contém várias diidrouracilas; e alça do anticódon.
6. A alça do anticódon consiste em sete bases com a seguinte seqüência:
O anticódon do tRNA é o ponto de reconhecimento para o códon no mRNA e este reconhecimento ocorre pelo pareamento de base; porém o aminoácido ativado não exerce função neste reconhecimento.
Os aminoácidos são ativados e ligados a determinados tRNAs por sintetases específicas, também chamadas de enzimas ativadoras. A primeira etapa é a formação de um aminoacil-adenilato a partir de um aminoácido (AA) e ATP. Essa molécula ativada é um anidrido misto no qual a carboxila do aminoácido é ligada à fosforila do AMP. Portanto, também é conhecido com aminoacil-AMP (AA-AMP). A etapa seguinte é a transferência do radical aminoacil do aminoacil AMP para uma molécula de tRNA para formar aminoacil-tRNA (AA-tRNA).
