Enzimas de restrição
As enzimas de restrição, também chamadas de endonucleases de restrição, reconhecem uma seqüência de bases específica na dupla-hélice de DNA e cortam ambas as fitas da hélice, em lugares determinados. Elas são indispensáveis na análise da estrutura dos cromossomos, sequenciamento de DNA, isolamento de genes e na criação de moléculas novas de DNA que podem ser clonadas. Uma característica marcante de muitos desses sítios de clivagem é que eles possuem uma dupla simetria rotacional, isto é, a seqüência de reconhecimento é palindrômica e os sítios de clivagem são simetricamente posicionados. Esta enzima catalisa a formação de um a ligação fosfodiéster entre a hidroxila 3' na ponta de uma cadeia de DNA e o fosfato 5'da ponta da outra, sendo essa reação endergônica. A ligase repara quebras nas moléculas bifilamentares do DNA. A DNA ligase é essencial para a síntese normal de DNA, o reparo de DNA danificado, e o enxerto das cadeias de DNA na recombinação genética. James Wang e Martin Gellert foram quem descobriram as enzimas que catalizam a interconversão de topoisômeros do DNA, as Topoisomerases. Estas enzimas alternam o número de ligação do DNA catalisando um processo de três etapas: 1) clivagem de um ou ambos os filamentos de DNA, 2)passagem de um segmento de DNA por esta quebra, e 3) ressoldagem da quebra no DNA. As topoisomerases tipo I clivam apenas um filamento do DNA, enquanto as enzimas tipo II clivam ambos os filamentos. DNA girase Esta enzima catalisa a superelicoidização do DNA.A introdução de superélices tem um custo de energia,desta maneira, DNA girase é uma trasdutora de energia; ela converte a energia livre do ATP em energia torcional de superelicoidização.