A Torção da hélice
Os Sulcos Maior e Menor
O empilhamento dos pares de bases na dupla hélice resulta em dois sulcos no esqueleto ose-fosfato. Eles surgem porque as ligações glicosídicas de um par de bases não são diametralmente opostas umas às outras. O sulco menor contém O-2 da pirimidina e o N-3 da purina do par de bases, e o sulco maior está do lado oposto do par. O maior tamanho do sulco maior o torna mais acessível a interações com proteínas que reconhecem seqüências específicas do DNA.