É possível predizer como uma proteína acomoda suas ligações peptídicas - com as carbonilas voltadas sempre para uma direção (o que resulta numa alfa-hélice) ou alternando a direção delas, o que resulta em um zigue-zague ou fita beta
A estrutura secundária de uma proteína é uma das várias importantes informações que se obtêm no Predict Protein através do módulo PHDsec
Clique em [PredictProtein] no programa para navegar para o site
Preencha os campos de formulário com os dados pedidos:
- e-mail (pode ser usado o e-mail bioinfo@icb.ufmg.br)
- password - não escreva nada
- só falta "colar" a sequência de aminácidos no campo de formulário apropriado. Atenção, não é um arquivo FASTA dessa vez, só a sequência primária.
Depois é só clicar [SUBMIT / RUN PREDICTION]. Logo após o aceite da submissão aparece a opção de adicionar outras análises, no final da página [Services available]. Aproveite e selecione [3D homology modelling SWISS-MODEL]
Outro site para predição de estrutura secundária. Neste site as análises podem ser feitas "on line". Experimente buscar uma sequência de proteína no Entrez Protein e rodar a pesquisa.
Use as mesmas proteínas que você acabou de anotar.