BLAST X traduz sua sequência de nucleotídeos para proteína, nas 6 possibilidades:
Começando a ler os códons pela primeira, segunda ou terceira base da fita de DNA que você submete, ou pela primeira, segunda ou terceira base da fita complementar (atenção, fica do outro lado, embaixo,tá? a gente lê DNA de 5' pra 3' aqui no ocidente)
Depois o programa pesquisa com essas 6 proteínas deduzidas, o banco de dados de proteína. Não tema, com BLAST não há problema, só uma vai ser verdadeira e as outras darão resultados que serão abandonados.
Assim, se a proteína for conservada mas a sequência de nucleotídeos não, você vai encontrar coisas boas com BLAST X
Volte à página de submissão e escolha o programa [blastx] e mantenha a pesquisa em [nr] limitando para Homo sapiens
Gostou né?
Uma vantagem do blastx: se a sua sequência de nucleotídeos não está perfeita, blastx é o seu programa
Pois se, no meio da mensagem, falta ou sobra um nucleotídeo, a codificação vai ficar errada a partir deste ponto, não á mesmo?
A sequência protéica correta, a partir deste ponto, aparece em uma das duas outras proteínas deduzidas que ficam do mesmo lado da que é a codificadora
Como o algorítmo Blast é especializado em anotar bons resultados e descartar os ruíns, o blastx avaliará a pontuação obtida com as seis proteínas deduzidas e somará os bons resultados dos segmentos homólogos das duas proteínas
Mais que isso: é possível deduzir o erro na sequência de nucleotídeos se você analisar com cuidado os pontos onde o blastx mostra a homologia mudando de uma proteína deduzida (de uma fase de leitura) para a outra.
Que tal introduzir uma base a umas 6 bases do final da sequência teste e rodar um BLAST X contra o [nr] sem limites?
Vamos agora para outro tutorial clicando [tblastx] na janela ao lado