Alinhamento Local é usado quando queremos identificar, numa coleção de sequências, aquelas que apresentam um alinhamento legal com a nossa sequência pesquisada (Query)
O algorítimo computacional vai utilizar fragmentos da sua sequência (de tamanho = word size, W) e alinhar com as sequências do banco de dados
Ele vai descartando todas as pesquisas com pontuação ("score") pequena e vai alinhar a vizinhança daquelas com pontuação boa até chegar ao máximo valor
É fácil verificar, com o MultAlign, que algumas regiões de certos genes alinham bem mas outras, pouco conservadas, não. O Alinhador Local não quer chegar ao alinhamento final, ele só quer identificar sequências com alguma coisa (de tamanho significativo) em comum
O fundamento teórico é que a função gênica está quase sempre confinada em domínios contínuos de uma proteína
Já ouviu falar que exons representam domínios funcionais distintos, que teriam evoluído de genes ancestrais individuais?
Se não fosse assim, não teria sentido usar o Blast
Clique em [Blast] no tutorial
Veja que existe um Tutorial do Blast no NCBI
Vamos explorar algumas coisas no Blast
Siga o nosso tutorial de [Programas Blast] (janela da esquerda)