O Entrez pode ser usado para descarregar arquivos que contêm as coordenadas X, Y, Z de proteínas com a estrutura 3D determinada (diz-se "resolvida"), por exemplo por estudo do seu cristal
Clique em [estrutura 3D] no programa e veja se a p53 (ou domínios dela) já tem sua estrutura 3D resolvida
Entre em um dos resultados e note que logo acima à direita pode ser acessado o mesmo arquivo do PDB [PDB Id:]
Mas temos um espelho na UFMG do banco de dados de estruturas 3D chamado PDB. Ele pode ser acessado por www.pdb.ufmg.br e o download é mais rápido
Quando encontrar a sua proteína predileta (pelo Entrez Structure ou com [SearchLite] diretamente no PDB), entre no arquivo com [EXPLORE] e na parte esquerda clique em Download/Display File.
Descarregue (veja a segunda tabela) o formato PDB sem comprimir (X superior da esquerda) e salve no Temp.
Você pode abrir esse arquivo com o programa RasMol (descarregue, rode o RasMol e abra o arquivo PDB)