DNA & Cromossomos

DNA bending

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• Interessante: A proteína AlkA, extraída de Escherichia coli, é a base do reparo feito por incisão de glicocilase que remove uma variedade de bases alcalinas do DNA. O alargamento do sulco menor é um sinal para a enzima induzir um dobra de 66º no DNA.
  
• Interessante: Este artigo nos mostra que algumas reações de recombinação de pequenas distâncias de V(D)J podem ser reconstituídas in vitro com somente à adição de REG1/2 as proteínas do grupo de grande mobilidade HMG1 ou HNG2. Ele demonstra que o complexo REG1/2 dobra o RSS DNA entre o heptamero e monomero “motifs”. HMG1,2 intensifica siguinificantemente o “binding” e “bending” do 23RSS mas não é essencial para a formação da dobra do DNA intermediário sobre o 12RSS.
  
• Interessante: Diversos cromossomos de Escherichia coli necessitam somente de uma proteína de iniciação a replicação (origin recognition protein) chamado DnaA, muitos plasmíos de replicação requerem duplo iniciadores: host-encoded DnaA e a plasmid-encoded origin recognition protein, Este fato nos levava a acreditar que esse era o maior controle determinante da replicação. Este artigo apresenta a primeira evidência que DnaA comunica com o plasmídeo-enconded pi iniciador de R6K e contacta mais tarde uma específica região do N-terminal. Os resultados também demonstraram que o DnaA desenvolve papéis diferentes no hospedeiro e na replicação do plasmídio. Eles analisaram o papel acessório do DNA bending protein, fator de integtação do hospedeiro (IHF) promovendo a interação iniciador-origem.
  
• Interessante: O DNA bending fator-induzido de transcrição é essencial para a montagem do complexo de transcrição ativo para muitos promotores. Este artigo demonstra que os domínios de ativação de transcrição de Foz e Jun induzem a dobra do DNA. Em proteínas quiméricas, o domínio de ativação a transcrição induz DNA bending independente do domínio de ligação ao DNA. O DNA bending é reduzido pela presença de cátions multivalentes, indicando que interações eletrostáticas contribuem para o DNA bending por Foz e Jun.
  
• Interessante: Apesar das proteínas SRF e MEF2A pertencerem a mesma família conterem semelhantes domínios para ligação no DNA, seus mecanismos de ação diferem em muitos aspectos. Entre outras diferenças há uma diferença dramática entre a indução de DNA bending por SPF e MEF2A, a primeira induz uma enorme dobra no DNA enquanto a segunda induz o mínimo de distorção no DNA.
  
• Interessante: A proteína Mcm 1 de leveduras faz parte da família MADS box de fatores de regulação de transcrição. O artigo demonstra que Mcm 1 usa o mecanismo de contato com o DNA que tem algumas diferenças significativas quando usado por fator de resposta do soro humano (SRF), o relacionado término da proteína MADS box na qual a estrutura tridimensional tem sido estudada. Os resultados nos mostra que o DNA bending por Mcm 1 é dependente de seqüência específica e que as bases específicas que são requeridas para a dobra diferenciam-se entre Mcm 1 e SRF.
  
• Interessante: O promotor de distrofia mínima músculo-específica contém a sequência consenso CC(A/T)6GG, ou o elemento CarG, no qual pode se apoiar um serum-inducible ou promotores músculo-específico. Através de inúmeros experimentos de multação, eles demonstraram que, no promotor de distrofia, a ativação de transcrição induzida por SRF (serum response factor) requer o DNA-bending induzido por DPBF (dystrophin promoter-bending factor). A dobra do DNA, próximo do CArG box, pode promover a interação entre SRF e outras proteínas do complexo de transcrição.
  
• Interessante: DNA bending tem que ser observado em conjunto com transcrição, replicação e recombinação. O artigo demonstra que estas áreas de dobra do DNA estão presentes em intervalos regulares de 700pb na região onde se encontra os genes humanos da G gamma-A gamma-psi beta-globina, representando assim, um divisor de unidades dentro de regiões. Eles estão conservados na região promotora de aproximadamente dos genes beta-like globina. Eles sugerem que esta periodicidade tem um baixo grau na hierarquia na organização do genoma do que no rearranjo genômico e na expressão gênica. Uma inspeção de uma área fechada de uma das regiões do gene da A gama-globina com uma seqüência de 20pb contendo uma pequena periodicidade de áreas de (dA)n são parcialmente responsáveis pelo bending.

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