The EMBO Journal Vol. 16 No. 24 pp.7361-7371, 1997

Todo cromossomo e cada loci gênico ocupa áreas bem definidas na interface nuclear, e todo processo de metabolismo do RNA são precisamente localizados em regiões nucleares distintas. A principal e mais abundante proteína nuclear responsável por desempenhar esse papel é a SAF-A (scaffold attachment factor A). Essa proteína associa-se ao DNA por um dos seus domínios, na porção N-terminal, a regiões ricas em AT, chamadas de SAR (scaffold attachment region). A organização da cromatina em loops de 30 Kb parece estar relacionada com a disposição dessas regiões ao longo do DNA.

A SAF-A está envolvida, além da organização nuclear, no processamento e empacotamento do RNA através do seu outro domínio, na porção C-terminal (RGG box), que possui alta afinidade por RNA. A clivagem da SAF-A por caspases, durante a apoptose, ocasiona a perda de afinidade por DNA mas não interfere na associação da SAF ao RNA, permitindo concluir que os domínios da SAF-A são independentes e que esta clivagem ocorre próximo a porção N-terminal da proteína.

O domínio de ligação a DNA, possui duas regiões importantes. Ambas são seqüências de leucinas espaçadas que interagem nos sulcos maiores do ácido desoxiribonucléico. Essas regiões estão localizadas nos intervalos de aminoácidos 1-45 e 158-247 e são o novo domínio ligante a SAR do scaffol attachment factor A.